Sono organi della Rete Metropolitana l'assemblea dei Sindaci, il Presidente e la Giunta. Le competenze e le modalità di funzionamento degli organi e dei relativi rapporti sono disciplinati dallo statuto.

 Il Presidente della Rete Metropolitana è il Sindaco della Città media partecipante con il maggior numero di abitanti. (L.R. 4 febbraio 2016, n. 2 "Riordino del sistema delle autonomie locali della Sardegna", art. 8 - Rete metropolitana -, comma 2)